En 1978 se firmó el Acuerdo Marco de Cooperación entre Japón y Chile. En 1983 se creó la oficina de la Agencia de Cooperación Japonesa (JICA) en Chile, encargada de gestionar la cooperación a nivel gubernamental entre ambas naciones, además  encabeza la “Task Force”, que reúne al conjunto de instituciones japonesas en Chile vinculadas al tema cooperación. En 1999 se firma el acuerdo del Japan-Chile Partnership Programme, JCPP, dando inicio a un nuevo impulso en la cooperación con Japón con la presencia y trabajo conjunto con Japón en terceros países.

Según las definiciones del comité realizado en mayo de 2012, las áreas prioritarias son: prevención de desastres naturales, cambio climático, ganadería sustentable, gestión integrada de cuencas hidrográficas, acuicultura y desarrollo de la pesca artesanal, rehabilitación de personas con discapacidad,  junto con el fortalecimiento y desarrollo de PYMES.

Instrumentos de Cooperación de la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA)

• Proyectos de cooperación técnica, Programa de Amistad.
• Envío de expertos y equipamiento básico, Aceptación de becarios.
• Programa de Voluntarios (jóvenes y seniors) a lo largo de Chile.

Instrumentos de Cooperación de la Embajada de Japón en Chile

• Donaciones culturales.
• Programa de Asistencia a Proyectos Comunitarios (APC).
• Barco de la Juventud del Mundo.